Stagione 1

Dopo che la sua famiglia è stata brutalmente attaccata da una banda di aggressori mascherati, Joe Higan è avvicinato dagli agenti dell'FBI Mike ed Emma per aiutare a indagare sull'omicidio di sua moglie e suo figlio.

Higan impara che una serie di vittime di omicidio recenti erano tutti i ninja che avevano le loro copertine esplose. Higan segue il capo ninja e giura di vendicarsi per sua moglie e suo figlio morto schiacciando l'organizzazione.

Yamaji affronta le domande di uno dei suoi tenente riguardo alla sopravvivenza di Higan. Nel frattempo, Mike si unisce con Higan e Emma per lanciare la propria indagine indipendente su AUZA.

Un misterioso benefattore avverte Higan che è impossibile per lui infiltrarsi AUZA City senza alcun aiuto. Nel frattempo, Mike ed Emma si allontanano dall'incidente con lievi lesioni e rilanciano la loro indagine su AUZA e i ninja.

Mike usa informazioni da Emma per rintracciare Jason, un ex dipendente di AUZA. Altrove, dopo aver avuto il suo primo tentativo di infiltrarsi AUZA City fermato da Zai, Higan impara un percorso alternativo dal misterioso benefattore.

Aska salva Higan da una certa condanna, e la sua vera identità è svelata. Nel frattempo, Mike scopre che ora è ricercato dalla sua agenzia, l'FBI.

Mentre Higan e Lil si impegnano in combattimento, Higan raggiunge la sincronizzazione completa con il suo Gusoku Gear, noto come "Kamui". Dopo, Yamaji finalmente ordina a Zai di eliminare Higan.

Il CEO di AUZA sogna di prendere il controllo totale dell'infrastruttura energetica del paese utilizzando l'organizzazione ninja di Yamaji. Emma fa del suo obiettivo personale fermarli con l'aiuto di Higan. Nel frattempo, Jason e Mike sono ancora in fuga.

Emma e Jason combinano i loro sforzi per lanciare un attacco hacking su AUZA, che si traduce in loro ottenere informazioni top-secret. Nel frattempo, Mike e Higan si scontrarono con uno squadrone di mercenari inviati da AUZA per fermarli.

Higan piange la morte di Emma quando una lettera che lo sfida a un duello arriva da Zai. Mike e Jason vogliono divulgare i dati che hanno hackerato da AUZA al pubblico, ma scoprire che non possono a causa della crittografia dell'unità di memoria esterna di Emma.

Higan vince il duello contro Zai, ma non lo uccide. Joseph manda i suoi mercenari ad attaccare il nascondiglio ninja dopo aver tagliato i suoi legami con Yamaji. Nel frattempo, Mike scopre la chiave per decifrare i dati che Emma ha lasciato.

Dilly aderisce ai suoi ordini originali e protegge Joseph scegliendo di combattere Yamaji. Higan ha un visitatore a sorpresa che lo prega di porre fine alle contraddizioni del clan ninja. Nel frattempo, Mike e' stato catturato negli uffici dell'FBI.

Higan e Yamaji si impegnano in una battaglia finale. Nel frattempo, Mike cerca di rintracciare Joseph mentre tenta di fuggire dal paese.