Stagione 12

Dopo un lungo viaggio in mare, la nave di Naruto arriva finalmente all'isola di destinazione. Però, prima che tutti possano gioire, un calamaro gigante attacca la nave. Fortunatamente, l'equipaggio viene salvato da Killer Bee.

Motoi confessa a Naruto e Yamato di aver tentato di uccidere Bee durante la loro infanzia a causa della morte di suo padre intercorsa durante l'azione di suggellamento dell'Ottacoda avvenuta 30 anni prima.

Con Killer Bee come nuovo maestro, Naruto inizia il suo addestramento per controllare il potere di una bestia con la coda. Per fare ciò, è necessario combattere contro la bestia con la coda e assorbirne il chakra, convertendolo nel proprio potere.

Nella sua mente, Naruto continua la sua battaglia contro l'Enneacoda per prendere il controllo del suo immenso potere.

Sedici anni fa, il Quarto Hokage Minato Namikaze e sua moglie Kushina aspettano il loro primo figlio, con grande gioia della giovane coppia.

Minato è costretto a usare il suo jutsu Volo del Dio del fulmine e lasciare indietro sua moglie Kushina per salvare il loro figlio appena nato, Naruto, da un aggressore mascherato.

I ninja della Foglia riescono a respingere la Volpe nella foresta grazie al Terzo Hokage Sarutobi. Nonostante Kushina sia inizialmente contraria, Minato spiega che per proteggere il villaggio, e così anche il loro figlio, l'unica soluzione è sigillare la Volpe dentro Naruto poiché la Foglia non può restare senza un Jinchuuriki o si creerebbe uno squilibrio tra i villaggi, convincendo così Kushina definitivamente. I due decidono di sigillare anche le restanti parti del loro chakra dentro il figlio per poterlo rincontrare in futuro. Proteggendo Naruto un'ultima volta da un enorme artiglio del Kyuubi che trapassa entrambi, Minato prima di morire attiva il Sigillo del Diavolo e i due genitori salutano il loro bambino augurandogli una vita felice. Al termine del racconto, Kushina svanisce abbracciando suo figlio ringraziandolo.

Essendo ora in grado di utilizzare il chakra della Volpe, Naruto riesce a scoprire Kisame nascosto dentro Samehada. Il ninja di Alba riesce a fuggire con un rotolo contenente le informazioni ricavate, ma Gai si lancia all'inseguimento e attiva la settima porta del chakra. I due si scontrano sulla costa utilizzando le loro tecniche più potenti: Gai ricorre alla Tigre di mezzogiorno e Kisame alla Tecnica del mega proiettile marino. Inizialmente, il colpo di Kisame sembra avere il sopravvento, ma Gai riesce a colpire il suo avversario.

Dopo essere stato sconfitto da Gai, Kisame viene bloccato dall'Arte del legno di Yamato. Aoba entra nella mente del ninja e assiste al ricordo di un giovane Kisame facente parte della squadra d'intelligence del Villaggio della Nebbia, ma con la missione di impedire la fuga di informazioni anche a costo di eliminare i suoi compagni. Anni dopo, per ordine del Mizukage, Kisame uccide il suo maestro, spia del villaggio, prendendo la sua spada Pelle di Squalo. A quel punto, interviene il Quarto Mizukage Yagura che, però, è controllato da Tobi. Prima che Aoba veda Tobi in volto, Kisame si risveglia e, pur di non rivelare nulla al nemico, si uccide lasciandosi divorare dagli squali da lui stesso evocati. Il rotolo con le informazioni raccolte viene recuperato, ma si rivela una trappola.

Tobi si dirige al Villaggio della Pioggia per recuperare il Rinnegan di Nagato. Konan, ora ex membro dell'Organizzazione Alba, ricorda il suo passato fino all'arrivo di Tobi. Tobi chiede a Konan dov'è il Rinnegan di Nagato e Konan risponde che non si trova nel villaggio. Il loro scontro ha inizio e Tobi dice a Konan di aver incoraggiato Yahiko a formare l'Organizzazione Alba e di aver dato lui il Rinnegan a Nagato. Konan si trasforma in migliaia di pezzi di carta per autodistruggersi contro Tobi, ma fallisce ed entrambi sopravvivono. Konan scatena allora una potente tecnica con la carta che sembra creare un mare fatto di carta sotto i loro piedi.

Konan racchiude Tobi in un abisso con una grande quantità di etichette esplosive. Tobi riesce a sopravvivere con la sua tecnica Izanagi, sacrificando un occhio e trafigge Konan alle spalle. Konan rifiuta di arrendersi e continua a combattere Tobi. Tobi riesce a sottometterla e posiziona Konan all'interno di un genjutsu per costringerla a rivelare la posizione del Rinnegan. Tobi si reca sul posto, recupera il cadavere di Nagato e poi si congeda. Un pezzo di carta insanguinato viene portato via dal corpo di Konan dal vento e viaggia verso il nascondiglio della sua infanzia. Viene così rivelato altro del passato dei 3 orfani con Jiraiya, così come parte del loro tempo come Akatsuki originale. Nel frattempo, Tobi viene informato da Zetsu che hanno ricevuto informazioni da Kisame circa il luogo dove si trova la Volpe a Nove Code e dichiara perciò che è ora di catturarla.

Zetsu riferisce nuove informazioni da Kisame e Madara viene a sapere del nascondiglio di Naruto. Tsunade, Gaara, il Raikage e altri devono capire come far uscire Naruto dall'isola segreta della Terra della Luce e tutto senza dirgli della guerra. Viene così annunciata una nuova missione.

Kabuto e Deidara rianimato tentano di catturare la Forza Portante, ma vengono fermati dallo Tsuchikage, sopraggiunto per proteggere Naruto.

La Quarta Grande Guerra Ninja sta per iniziare: i ninja stanno esaminando le loro unità, le forniture mediche vengono controllate e rifornite. Lo Tsuchinage salva il Nove Code e l'Otto Code, ma Yamato viene catturato.

Le forze ninja alleate sono in attesa, pronte ad affrontare l'esercito di ninja rianimati di Madara e i 100.000 Zetsu Bianchi. Ma la diffidenza esiste ancora tra le forze alleate dei ninja, che fino a poco tempo fa erano nemici giurati.

L'unità di Kankuro entra nel territorio nemico per creare una roccaforte per le forze ninja alleate. Vengono immediatamente attaccati dall'unità dell'Organizzazione Alba composta dai rianimati Deidara e Sasori.

L'unità d'assalto delle forze alleate dei ninja si scontra con l'Organizzazione Alba nella prima ondata della battaglia.

Sotto la guida di Killer Bee, Naruto entra nella fase finale dell'addestramento per padroneggiare la Teriosfera, la tecnica più potente delle Forze Portanti. Intanto Kabuto spiega a Madara tutti i dettagli della sua tecnica della Resurrezione Impura.

L'unità d'assalto è nei guai mentre affrontano i ninja rianimati possessori di abilità innate, che includono Zabuza Momochi e Haku. Fortunatamente, Kakashi e la sua unità arrivano in tempo per aiutarli.

Kakashi e la sua unità escogitano una strategia per affrontare i ninja con le abilità innate, ma viene sventata da Kabuto, che usa il Jutsu della Rianimazione per evocare i Sette Spadaccini Ninja della Nebbia.

L'Organizzazione Alba invia un esercito di potenti ninja rianimati e Zetsu bianchi attraverso la zona di guerra, causando il caos all'interno della catena di comando delle forze ninja alleate.

Mentre Darui e la sua Prima Unità affrontano un esercito di Zetsu Bianchi, le forze rimanenti devono affrontare i ninja rianimati.

Atsui, Samui e Darui affrontano Kinkaku e Ginkaku, i leggendari fratelli della Nuvola, temuti anche dai Raikage.

Darui riesce a sigillare Ginkaku. Alimentato dalla rabbia per aver perso suo fratello, Kinkaku si trasforma in un mostro che ricorda lo stato di Cercoterio di una Forza Portante.

L'unità d'assalto di Kankuro viene messa alle strette dall'attacco velonoso di Hanzo. Fortunatamente, Mifune e la sua Quinta Unità arrivano in tempo per fornire assistenza.

Shikaku ordina al trio Ino-Shika-Cho di abbattere Asuma rianimato. Ricordando le ultime parole di Asuma, Shikamaru e Ino sono determinati a fermare il loro ex insegnante.